Le probleme vient de ces lignes :
InFile = os.path.abspath('../source_csv/drop-'+str(jour)+'.csv')
OutFile = os.path.abspath('../source_csv/drop_updated-'+str(jour)+'.csv')
Tes '../' sont relatif par rapport au répertoire depuis lequel tu lances ton script.
Tu peux récupérer le répertoire courant de ton script avec
import os
script_path = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
Que tu pourras ensuite concaténer a ton path, du genre :
InFile = os.path.abspath(script_path+'../source_csv/drop-'+str(jour)+'.csv')
Au passage, une maniere plus élégante de le faire serait :
InFile = os.path.abspath(os.path.join(script_path, '..', 'source_csv',' drop-{jour}-.csv'.format(jour = jour)))
Je te renvois vers la doc de dirname et realpath pour le détail de ce que font ces deux fonctions.